肝細胞がんは、原発腫瘍の大きさ、リンパ節への転移、遠隔転移などの段階によってI期からIV期までの病気（ステージ）に分類されます。腫瘍が、<1>直径2cm以下である　<2>1個だけである　<3>脈管侵襲なし（がんが血管に入り込んでいない）という3つの条件のうち、
I期は、<1><2><3>のすべてに合致する段階。
II期は、<1><2><3>の2項目に合致する場合。
III期は、<1><2><3>の1項目のみに合致する場合。
IV期は、<1><2><3>の1項目も合致しない場合。
また、リンパ節への転移がある、遠隔転移が場合は、すべてIV期となります。

患者の多くが慢性肝炎や肝硬変を合併しているため、治療前に肝機能の評価を行います。判定には肝障害度が用いられ、<1>腹水の有無、<2>血清ビリルビン値、<3>血清アルブミン値、<4>ICGR15、<5>プロトロンビン活性値の5項目からＡＢＣの段階に分類します。肝障害度によって治療法が選択されます。

肝細胞がんの治療は、外科療法、穿刺療法、肝動脈塞栓術の3療法が中心となります。がんの進行度と肝機能の状態によって選択されます。

比較的大きな腫瘍や、単発（か少数）の腫瘍の場合に肝切除が選択されます。肝切除に耐えられる肝機能であることも条件となります。適切に切除されれば治療部位の再発がなく、最も確実な治療法といえます。

日本では、提供者の不足で脳死肝移植はほとんど例がなく、主に近親者から肝臓の一部を提供してもらい移植する生体肝移植が行われています。

体外から腫瘍を針で刺し、周囲の肝組織も含め腫瘍を凝固壊死させる治療法で、腫瘍が3cm以下、3個以下の患者が対象となります。治療時間や入院日数が短く、比較的簡便な治療法といえます。アルコールを注射する〈エタノール注入療法〉、マイクロ波を照射する〈マイクロ波凝固療法〉、針へ通電しがんを焼灼する〈ラジオ波熱凝固療法〉などが行われています。

がんに酸素を供給している肝動脈を人工的に塞いで、がんに供給する血流を止め、がんを死滅させる方法です。肝切除ができない場合、肝機能が不良な場合にも適応する治療法です。

5年生存率は治療法ごとに異なり、肝切除では50〜60％、穿刺療法では40〜50％、肝動脈塞栓術では20％前後となります。

肝細胞がんの遠隔転移の多い臓器としては、肺（46％）、腹膜（18％）、骨（15％）、副腎（11％）、その他の腹腔内臓器（21％）などがあげられます。遠隔転移の診断は年1回の胸部CTなどが有効です。

肝細胞がんは再発しやすいがんです。根治性の高い肝切除を行っても、5年後に70〜80％の患者に残肝再発があります。再発の可能性を自覚し、定期的な検査を受けることが必要です。